在清朝历史上，漠南蒙古地区有两个土默特左右两翼旗，一个是今呼和浩特市全境、包头市大部分地区，称为归化城土默特，也称为西土默特；一个是今辽宁省阜新蒙古族自治县、北票市、朝阳县地区，称为喜峰口土默特，也称东土默特。此外，内蒙古自治区库伦旗也有很多从呼和浩特地区迁去的土默特部人。他们同属于明朝时的北元蒙古土默特部落。那么，是什么原因使这些同一部落的人分散到不同地方的呢？事情得追溯到明末清初的时候。

　　16世纪中叶，土默特部在其首领成吉思汗第十七世孙阿勒坦汗的率领下，成为当时北元蒙古最强盛的部落，部落人口20多万人，地域包括今呼和浩特市、包头市、巴彦淖尔市、乌兰察布市全境和锡林郭勒盟部分地区，以及今河北省张北、尚义、康保县全境和丰宁、隆化、平泉、承德双滦区、内蒙古宁城县甸子乡部分地区、今青海省青海湖周边广大地区。这些地域及部落属民在阿勒坦汗晚年时分别由他的9个儿子、三弟拉布克台吉、堂弟达雅皇台吉、阿勒坦汗自己亲领，形成12个部落，称为“十二土默特”。

　　土默特部中，最早东迁到今辽宁地区的为土默特部的兀良哈部人。

　　土默特部中的这些兀良哈人，主要为明代史籍中的朵颜卫兀良哈人，他们的首领为成吉思汗的大将者勒篾的后裔们。他们于1543年左右和一些明朝史中称为福余卫兀良哈人、泰宁卫兀良哈人归降北元达延汗的后裔们，归降后，被达延汗的后裔们瓜分，但都保留在原驻牧地驻牧，没有随属主驻牧。

　　1628年，林丹汗在占领呼和浩特地区土默特全境后，开始寻找攻击隶属于土默特部的兀良哈人。1629年末，这些兀良哈人在其首领阿勒坦汗之女与诺木图卫征所生子善巴和另一首领赓格尔、僧格与兀良哈夫人所生的噶尔图之子鄂木布楚琥尔等的率领下，归附了后金。此后，善巴、赓格尔、鄂木布楚琥尔等根据后金皇太极的旨谕，率领各自的部属东迁。最后，善巴、赓格尔所领的部众被安置于今辽宁省阜新蒙古族自治县一带，鄂木布楚琥尔所领的部众被安置于今辽宁省北票、朝阳一带。此外，还有1632年被后金东迁的土默特部人。

　　库伦旗隶属于内蒙古通辽市，位于通辽市西南部，南接辽宁省阜新蒙古族自治县和彰武县。是清朝时内蒙古地区唯一的政教合一制度旗，全称锡勒图库伦喇嘛旗，也是清朝在蒙古地区最先设立的喇嘛旗。清朝时设立的锡勒图库伦喇嘛旗的旗民并不是由原领主属民编旗，而是清朝陆续从土默特、察哈尔、科尔沁左翼后旗、苏尼特、敖汉、巴林、外喀尔喀部移入。其中土默特人最多，到库伦旗的时间也最早。

　　锡勒图库伦喇嘛旗的建立，和一个与土默特部有着密切关系的喇嘛有关，他就是对阿勒坦汗信奉藏传佛教格鲁派有着重要影响的阿兴喇嘛，阿兴喇嘛也译称为阿香、阿向喇嘛，本名希日巴。1636年8月，阿兴喇嘛去世，清廷封其弟囊苏喇嘛为锡勒图达尔罕绰尔济，掌管库伦旗宗教事务，从此，库伦地方称“锡勒图库伦”，1646年囊苏喇嘛去世后，清廷授实胜寺喇嘛西布札衮如克“盛京锡勒图库伦札萨克大喇嘛”印，赐“锡勒图绰尔济”封号，统领库伦政教。从此，库伦旗正式成为政教合一的喇嘛旗。西布札衮如克晚年去职后，锡勒图库伦旗札萨克大喇嘛一直由阿兴喇嘛的族人担任，直到1931年政教分离。

　　据库伦旗本地学者齐克齐估计，从呼和浩特迁到库伦的人口至少占全库伦人口的三分之一。清朝时的库伦旗设有3个佐领，据此估计，1635年底或1636年初进入库伦旗的土默特部人数在450人左右。2017年，库伦旗蒙古族人口约为12万人。按照齐克齐先生的估算，这12万人中最少应有4万人祖籍为呼和浩特土默特人。