合作内容包括：一是建立跨境医院间的医疗转诊机制，形成以肛肠中心为主体服务的绿色诊疗通道，为蒙古国患者提供便利条件，确保外籍患者无障碍就诊。二是通过专题研讨、互派医务人员等方式开展肛肠科等重点学科及中医特色领域的学习、合作，内蒙古中医院派肛肠专家到蒙古国为当地患者手术，并提供院内特有的中药制剂。三是与蒙古国国立医科大学药学院联合开展蒙中药材品种调查与研究，收集整理传统医药典籍、植物志等资料信息，建立“一带一路”中蒙两国重点传统草药品种实体库与数据库，合作出版《中国——蒙古国传统中医药体系重点草药品种图谱集》。四是与蒙古国国立传统医疗研究院联合推进蒙医药标准化建设，合作开展蒙药质量标准研究，尝试进行中蒙药材种植适宜性研究。