呼和浩特综合保税区的前身为呼和浩特出口加工区。2018年9月4日，国务院批复同意呼和浩特出口加工区整合优化为呼和浩特综合保税区，规划面积0.88平方公里。综合保税区集保税区、出口加工区、保税物流区、港口、口岸的功能于一身。可以发展国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工等业务。在综合保税区发展保税加工、保税物流、保税服务，以及开展高技术含量、高附加值项目的境内外维修、再制造等多元化业务优势明显。

　　呼和浩特综合保税区顺利通过实地验收，对呼和浩特市立足呼包鄂乌区域，协调“一带一路”沿线地区，全面拓展首府口岸、进出口加工、国际贸易等功能，加快建设发展跨境电商综试区，为自治区布局建设自由贸易试验区，提高投资和贸易自由化、便利化水平，全面提升自治区经济外向度有着重大意义。下一步，呼和浩特综合保税区将依托各项政策，将综合保税区的功能与跨境电商综试区的功能相叠加，加速拓展口岸、贸易功能，优化原有加工贸易产业布局，发展大宗商品、农畜产品分拨等特色产业，全面发展跨境电商业务、进出口商品现代物流、仓储服务等业务，全力打造呼和浩特市外向型经济发展的新平台、新高地。