2019年10月，国家发展改革委会同卫生健康委、中医药局、国务院医改领导小组秘书处（以下简称“四部门”）启动国家区域医疗中心试点工作，分两批次遴选确定了26个试点项目，并给予中央预算内投资支持。2021年将优质医疗资源相对薄弱的内蒙古等12个省份和新疆生产建设兵团纳入建设范围。根据专家评审意见，以首都医科大学附属北京中医医院为输出医院，巴彦淖尔市中医医院为依托医院申报的首都医科大学附属北京中医医院内蒙古医院建设项目成功入选。

　　目前，首都医科大学附属北京中医医院已与自治区政府签订合作共建国家区域医疗中心协议。按照双方协议，以心血管疾病、脑病及呼吸疾病为重点，在预防、诊断、治疗、康复、教学、科研、人才培养及管理等方面开展全面合作，完善区域优质医疗资源配置，提升内蒙古西部地区医疗服务能力。同时，打造高层次的中医人才培养基地、高标准的科研创新和转化平台、高水平的现代化中医医院管理高地，为“健康中国”的国家战略建设贡献力量。