此轮自治区生态环境保护督察将重点督察习近平生态文明思想和习近平总书记对内蒙古重要指示精神落实情况;贯彻新发展理念、推动黄河流域生态环境保护和高质量发展情况;生态环境保护“党政同责、一岗双责”落实情况;党中央、国务院和自治区党委、政府生态文明建设和生态环境保护决策部署落实情况;中央生态环境保护督察整改、中央督察组转办群众信访案件办理情况,以及上一轮自治区生态环境保护督察整改和群众信访案件办理情况;国家和自治区生态环境保护法律法规、政策制度、标准规范、规划计划的贯彻落实情况;突出生态环境问题及其处理情况和人民群众反映的生态环境问题立行立改情况等。
根据工作安排,自治区第一、第二生态环境保护督察组进驻时间均为25天,进驻期间设立专门信访举报电话和专门邮政信箱受理群众生态环境问题方面的投诉举报。