基础医学院前身为基础医学部，2004年12月更名为基础医学院。学院现有16个教研室，13个实验室（中心）及学校司法鉴定中心。其中1个国家级虚拟仿真实验教学中心、3个自治区级实验教学示范中心、2个自治区重点实验室、1个自治区级工程技术研究中心、1个自治区级肿瘤生物治疗协同创新中心、2个校级重点实验室。学院拥有自治区级重点学科——病理学与病理生理学、人体解剖与组织胚胎学，有自治区级精品课程10门。
学院开设全校研究生和本、专科生各类课程108门。有应用心理学、法医学、精神医学、生物技术等四个本科专业和少数民族预科班，目前在校全日制本科生490人，近五年毕业本科生739 人。
学院现有专任教师及实验技术人员208人。其中，正高职称37人、副高职称36人；具有博士学位49人、硕士学位102人；兼职博士生导师2人，硕士生导师53人。享受国务院政府特殊津贴专家2人，自治区有突出贡献专家1人，自治区“新世纪321人才工程”第一、第二层次人选8人，自治区草原英才创新团队2个、草原英才8 人，自治区高校教学名师4人、教坛新秀2人、优秀教师2人，“十二五”全区高校教学质量与教学改革工程建设先进集体1个、先进个人1人，拥有自治区级优秀教学团队3个、科技创新团队2个、高校青年科技领军人才1人、骨干人才2人；近年获自治区教学成果奖一等奖1项，二等奖4项，科技进步二等奖1项。
蒙医药学院
蒙医药学院前身是中蒙医系，成立于1958年。学院目前拥有国家中医药管理局重点学科2个；教育部全国高等学校重点建设特色专业2个；内蒙古自治区重点学科1个；内蒙古自治区级品牌专业；第一批高等学校“专业综合改革试点”项目1项；国家级实验教学示范中心1个；国家级虚拟仿真实验教学中心1个；国家级教学团队1个；内蒙古自治区“草原英才”工程创新团队3个；自治区蒙医药协同创新培育中心1个；内蒙古自治区工程技术研究中心1个；自治区级教学团队2个；自治区级精品课程5门。
学院在编教职工68名，具有博士学位28名、硕士学位32名；博士生导师7名、硕士生导师25名。被评为“国医大师”2名；入选国家百千万人才工程人选1名；国家突出贡献中青年专家1名；享受国务院政府特殊津贴专家4名；国家级非物质文化遗产代表性传承人2名；全国优秀教师1名；中医药高等学校教学名师1名。
中医学院
中医学院成立于1958年，是全国西医院校中设置中医学专业较早的系部之一，是内蒙古自治区最早培养中医药高级人才的教学基地。50多年来，已为省内外培养出中医药高级人才近4000余名，多数已成为各级医疗、科研、教学、管理岗位的学术带头人和业务骨干。学院目前设中医基础医学、中医临床医学、针灸推拿学3个系，设置中医学、针灸推拿学2个本科专业；中医学专业于2011年成为硕士学位授予一级学科。现设17个教研室，1个实验中心，1所附属蒙中医院，20所临床教学实习医院。在校全日制本科生1427名，硕士研究生87名。
目前学院有在编教职工82名，其中具有高级职称人员33人，中级职称26人，初级职称13人，兼职博导2人，硕士生导师20人，具有博士学位者12人；首届全国名中医1人，全国第四批名老中医传承指导教师1名，自治区第二批名老中医指导教师5名，国务院特殊津贴4人，自治区有突出贡献的中青年专家1人，321人才工程第一、二层次人才5人，草原英才3人，自治区优秀教师1人。“中蒙医临床模拟教学实验中心”被评为国家级实验教学示范中心，“伤寒学”为国家中医药管理局“十二五”重点学科。近十年来，学院应届毕业生每年考研录取率一直全校领先，初次就业率达80%以上，在同类院校中名列前茅。
药学院
药学院始建于1977年，前身是药学系， 2012年更名为药学院。现设有药学、临床药学、中药学、药物制剂、制药工程、中药资源与开发6个本科专业。获得中药学、药学一级学科，以及药学硕士专业学位一级学科授权点。与天津中医药大学联合培养中药学（民族药学方向）博士。
药学院现有教职工116人，其中教授25人，博士生导师2名（与天津中医药大学联合招生）、硕士生导师34名。学院共设有14个专业教研室，4个实验教学中心，2个科研中心。近五年，共获科研资助3085万元。
现有在校本科生1210人、专科生89人、硕士研究生101人。近五年的就业率均在90%以上。
外国语学院
外国语学院的前身是俄文教研组。1957年更名为外文教研组。1959年，外文教研组隶属于刚成立的基础医学部。2004年，外语教研室划归公共教育学院。2007年，外语教研室更名为公共教育学院外语系。2010年，外国语学院成立，下设英语专业、公共外语、专业外语、小语种等4个教研室。
学院现有教职工63人，正高职称4人，副高职称13人，硕士41人，外教3-5名。
学院承担全校本科生、专科生、研究生各专业层次学生的公共外语教学及学校教职工的师资外语培训任务、英语专业学生的教学与管理工作。
自2006年招收英语专业学生以来，已有九届毕业生456人，现有在校生132人。近年来教师获得自治区级及以上各类奖项20余项。近五年教师主持各级各类科研课题共项，其中国家级课题3项。
