检察机关在审查起诉阶段依法告知了孙力军享有的诉讼权利，并讯问了孙力军，听取了辩护人的意见。检察机关起诉指控：孙力军利用担任上海市卫生局外事处副处长，上海市人民政府外事办公室综合业务处处长，公安部办公厅副主任、国内安全保卫局局长、公安部党委委员、副部长等职务上的便利以及职权、地位形成的便利条件，为他人谋取利益，非法收受他人财物，数额特别巨大；操纵证券市场，情节特别严重；违反枪支管理规定，非法持有枪支，情节严重，应当以受贿罪、操纵证券市场罪、非法持有枪支罪追究其刑事责任。