腹泻病 对轮状病毒等病毒性肠炎，推荐使用双歧杆菌、乳杆菌、酪酸梭菌和布拉氏酵母菌等；抗菌药物相关性腹泻则推荐使用双歧杆菌、乳杆菌、粪链球菌、酪酸梭菌、芽孢杆菌和布拉氏酵母菌等益生菌；慢性腹泻排除特定病因外，可使用双歧杆菌、乳杆菌、酪酸梭菌、芽孢杆菌和布拉氏酵母菌。
肝硬化 推荐使用含双歧杆菌、乳杆菌及肠球菌等制剂作为辅助治疗。对肝硬化合并自发性腹膜炎患者，推荐使用地衣芽孢杆菌、双歧杆菌、乳杆菌等。肝硬化合并肝性脑病患者，则推荐使用酪酸梭菌、双歧杆菌、乳杆菌等益生菌。
肠易激综合征 建议尽量选取乳杆菌、双歧杆菌等人体原籍菌较为安全有效，并且根据患者病情适当调整剂量。
炎症性肠病 建议使用枯草杆菌、屎肠球菌、双歧杆菌等益生菌。（据《快乐老人报》）
